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An sich sollte das Durchrouten des Gepäcks von Berlin bis Ko Samui funktionieren, zwischen Qatar und Bangkok Airways gibt es ein entsprechendes Abkommen Klick, nur solltest du beim Check-In in Berlin unbedingt das Ticket für den Weiterflug vorlegen und ausdrücklich darum bitten.
In Bangkok musst du dann ohne Gepäck nur noch durch die 'kleine' Immigration vor dem Gate zu den Inlandsflügen einen Stock höher.
Sollte Qatar Airways doch nicht das Gepäck durchchecken, pünktliche Landung in Bangkok vorausgesetzt, werden die knapp 2 Stunden zwar eng, könnten aber reichen.