Hallo Carsten,
ich bin zweimal in Athen umgestiegen (auch aus Deutschland mit innergriechischem Weiterflug) und ich fand die Wege überschaubar. Griechenland ist Mitglied des Schengener Abkommens - damit gibt es keine Unterschiede zwischen einem Inlandsflug und einem Flug nach Deutschland, Frankreich, Italien, etc.
Aus meiner Sicht reicht eine Stunde zum Umsteigen aus. Das würde ich allerdings nur raten, wenn beide Flüge Bestandteil der selben Buchung sind. Bei getrennter Buchung hat man im Falle einer Verspätung des ersten Fluges keinerlei Anspruch auf Weiterbeförderung (es sei denn, man bucht ein sehr teures flexibles Ticket). Bei getrennten Buchungen plane ich persönlich mindestens 3 Stunden Puffer ein (unabhängig vom Umsteigeflughafen).
Gepäck durchchecken wird bei getrennten Buchungen vermutlich nicht funktionieren, aber Fragen kostet nichts.
Innergriechisch bin ich sowohl mit Aegean als auch mit der alten Olympic Airlines schon geflogen. Bei den kurzen Strecken nimmt sich das nicht viel. Du wirst bei beiden etwas zu Trinken erhalten, aber großartiger Service ist bei Flugzeiten von zumeist unter einer Stunde ohnehin nicht möglich. Ich würde die Airline mit den besseren Flugzeiten oder dem günstigeren Preis bevorzugen.
Gruß
Chris