Hallo Anne,
zum Hotel kann ich nichts sagen, da es aber wie gastwirt geschrieben hat, etwas ab vom Schuss liegt würde ich, auch angesichts der 90 km Transferentfernung unbedingt zu einem Mietwagen ab Flughafen raten. Das entspannt die Atmosphäre ungemein, wenn du nach der Ankunft die Kinder ins Auto verfrachten und losfahren kannst und auf niemanden angewiesen bist. Autofahren auf Chalkidiki ist - bei generell empfohlener defensiver Fahrweise - völlig unproblematisch. Kindersitze mitbestellen!
Zum Flug mit Kindern: ich bin erstmal mit meiner Tochter mit knapp 4 geflogen. Ca. 1-2 Monate vor dem Urlaub haben wir mal einen Ausflug zum Flughafen gemacht und von der Besucherterrasse alles angeschaut und uns über den Flug unterhalten. Ein schönes Buch dazu - zumindest für Mädels - ist dazu "Connis erster Flug", wo quasi eure Situation schön bebildert beschrieben ist. (Ich glaube, Conni fliegt da nach Kreta)
In vermutlich jedem Flughafen (ich kann es für Stuttgart + Dresden sicher sagen) gibt es ein Spielzimmer, in dem Kinder vor Abflug noch toben können; wenn es denn von der Flugzeit paßt. Wichtig aus meiner Sicht sind Getränke für die Kinder und Kleinigkeiten zum Essen. Teilweise dürfen Kindertrinkflaschen mit durch die Sicherheitskontrolle genommen werden, teilweise nicht - also anschließend nochmal Wasser oder so kaufen. Dann natürlich was zum beschäftigen (Buch, Malzeug -> Bild für den Pilot malen lassen, brauchbares Spielzeug), dicke Socken, damit sie die Schuhe ausziehen können, ggf. Kleidung zum Wechseln, falls man sich bekleckert oder mit dem Gepäck irgendwas schief geht. Aus diesem Grunde packe ich oft "quer" - in jeden Koffer von jedem was rein, damit zumindest jeder etwas an Kleidung hat, wenn ein Koffer verloren gehen sollte (ist aber noch nie passiert). Absolutes no-go: Kuscheltiere in den Koffer - die müssen immer ins Handgepäck, denn nicht auszudenken, wenn die verloren gingen 
Darüber hinaus natürlich Sonnencreme mit höchstem LSF und Sonnenhut nicht vergessen!
Dem 5jährigen Kind kannst du bewußt sagen, dass es bei Start und Landung schlucken soll, ggf. was zu trinken geben. Beim Kleinen, wenn ihr noch habt, den Schnuller mitnehmen und nuckeln lassen oder eben auch was zu trinken.
Sei ganz beruhigt; Fliegen mit Kindern ist nicht schlimm, wenn man selbst die Ruhe bewahrt. Die Kids finden das meist sehr interessant und das Kabinenpersonal ist sehr nett und unterstützt. Und nach GR ist der Flug zeitlich überschaubar. Vielleicht könnt ihr die Alpen sehen, dann haben die Kinder zwischendurch auch was zu gucken. Wickelmöglichkeit gibt es auf dem WC oder notfalls auf dem Sitz. Und Griechenland ist so kinderfreundlich, dass man sich überall über die Zwerge freuen wird.
Also, freu dich drauf und bei Fragen melde dich gerne!
LG Netty
