Hallo urmeli und willkommen hier im Forum von HolidayCheck!
Ein schöner Spazierweg führt um die Binnen- bzw. um Binnen- u. Außenalster (ich meine, das sind insgesamt so ca. 9 km), von daher wäre es vielleicht nicht verkehrt, wenn Du Dir ein Hotel dort in der Nähe suchst, zumal Du dann auch sehr schnell in der Innenstadt bist. Hotels gibt es in der Umgebung reichlich, da ich aber zum einen Deine Preisvorstellung nicht kenne und zum anderen Geschmäcker verschieden sind, gebe ich ungerne Empfehlungen ab... 
Was den Hafen betrifft, würde ich Dir eine Hafenrundfahrt empfehlen; diese beginnen an den Landungsbrücken und die Schiffe sind nicht zu übersehen bzw. sie werden auch lautstark angepriesen. An den Landungsbrücken und während der Hafenrundfahrt kannst Du auf jeden Fall etliche Schiffe sehen - welche großen Schiffe zu Deinem Termin gerade in HH sind, kannst Du z. B. hier nachlesen:
http://www.hafen-hamburg.de/erwartete-schiffe oder
http://www.schiffe-in-hamburg.de/de/_calls.htm
Je nachdem, wie oft Du ggf. mit öffentlichen Verkehrsmitteln unterwegs bist, empfiehlt sich evtl. auch ein Tagesticket für den ÖPNV (kann man vorab im Internet kaufen und selbst ausdrucken) oder, wenn Du vieles besichtigen willst, evtl. auch die HamburgCard. Du schreibst zwar, dass Du vieles zu Fuß machen willst, aber irgendwann tun einem ja vielleicht doch die Füße weh...
Bei schönem Wetter bietet es sich auch an, mit der Fähre Linie 62 an den Landungsbrücken (Brücke 3) einzusteigen und in Richtung Finkenwerder zu fahren - Haltestelle Neumühlen/Övelgönne aussteigen und dann an der Elbe (in Richtung stadtauswärts) entlang zu flanieren... Zwischendurch gibt's auch die Möglichkeit einzukehren, z. B. die Strandperle...
Ach ja, an den Landungsbrücken gibt's auch diverse Cafés, Restaurants, Imbisse...
Es darf auch B&B, Pension o.ä. sein. Sauber, ruhig und ein gutes Frühstück wären der Hit.