Diese hohen Preise kommen daher, das Kos zu den Inseln zählt, die nicht so häufig angeflogen werden, und auch nur von wenigen Gesellschaften. Da fehlt einfach die Konkurrenz. Einen solchen Preis würde niemand für einen Flug nach Kreta zahlen, weil einfach die Konkurrenz unter den Fluglinien viel größer ist.
Entweder warte auf ein entsprechend günstiges Sonderangebot für einen Direktflug, oder überlege dir die Variante, günstig nach Athen zu fliegen (z.B. mit Lufthansa oder germanwings), dort umzusteigen und mit Olympic oder Aegean weiterzufliegen. Kann man auch mit 3 Tagen Athen kombinieren .
Diese Umsteigevariante haben wir dieses Jahr auf unserem Weg nach Samos gewählt. Würde ich auch wieder machen, solange die Umsteigezeiten vernünftig sind. Geld sparen kannst du auf diese Art und Weise jedenfalls.