Hallo Stefan,
also ein bisschen Arbeit musst du dir schon selbst machen 
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Aber gerne wird dir hier weitergeholfen. Ich möchte dir aber auch den Tipp geben, die bereits bestehenden Threads durchzusuchen, da schon viele Fragen gestellt wurden.
Bei drei Wochen finde ich es eine gute Idee mit der Kombination Nord- und Südküste. Schau dir doch mal an der Südküste die Orte Matala, Plakias und Agia Galini an, wenn du bei Holidaycheck in der Hotelmaske schaust, siehst du schon gute Hotels, zum Beispiel das Astoria in Agia Galini, eine wirklich nette Anlage.
An der Nordküste würde ich dir einen "zentraleren" Ort empfehlen, zum Beispiel Rethymnon. Von dort kannst du eine Menge Erkundungen unternehmen. Von hier ist es zum Beispiel eine Stunde nach Heraklion, wo du dir die Ausgrabungen von Knossos anschauen kannst.
Es gibt aber so viele Möglichkeiten was du unternehmen kannst, da ist es von Vorteil deine Interessen zu wissen.
Besonders schöne Strände gibt es z. Bsp. in Georgioupolis, Elafonissi und Falassarna (beide relativ weit im Westen der Insel).
Wenn du eine Mietwagenempfehlung möchtest, kannst du mich gerne per PN kontaktieren, wir mieten immer bei einer einheimischen Vermietung, tolle Preise, deutscher Ansprechpartner auch im Notfall und Vollkasko ohne SB.
Ansonsten die Frage, ob du die Reise pauschal buchen möchtest oder alles getrennt? Denn dann solltest du dich bald um Flüge bemühen, da teilweise schon jetzt die Preise "utopisch" sind.
Beste Grüße
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