Ich war in NY im Swiss Hostel, das hat mir von der Lage sehr gut gefallen (Nähe central Park und Columbus Circle, nicht nur Touris sondern auch Einheimische).
Die U-Bahn fährt glaub ich von dort aus direkt zum Air Train ( der nach JFK fährt)- allerdings dauert es trotzdem ne ganze Weile.
Ein anderes mal war ich im Wanderers Inn East, sehr günstig, etwas weiter nördlich auch in der Nähe vom CP, von dort kommt man schnell zum Flughafen La Guardia (leider nicht so schnell zum JFK).
Es gibt ein paar gute Hostel-Buchungsseiten wie hostelz.com und hostelworld.com
Die Hostels in NY sind grundsätzlich nix besonders schickes, sehr kleine Zimmer, einfache Ausstattung aber meiner Meinung nach kann man im Vergleich zu den Hotels nicht wirklich meckern und man bekommt z.T. etwas vom richtigen NY-Leben mit (in dem einem Hostel lebte ein NYer Theaterschauspieler in einem Appartment oberhalb und nutzte die Hostelküche, der hatte ein paar nette Geschichten vom Leben in NY)
Etwas näher zum Flughafen JFK gibt es ein YMCA, da kostet das DZ etwa 80-90USD und ein paar günstigere kleine Motelketten sind auch in der Nähe von JFK.
Ich würde aber lieber näher zur City wohnen und einen Shuttleservice bestellen (muss man mind. 24h vorher machen), mit dem Taxi zum Flughafen fahren oder die U-Bahn (www.mta.info) nehmen. Die fahren auf vielen Linien 24h lang (the city, that never sleeps).
Viel Spaß in den USA,
Sol
PS:Ups ist ja lang geworden