Moin! Die Autovermietungen findet man üblicherweise bei der Ankunft. Die besten Suchergebnisse erzielt man auf der Website von Alamo selbst. https://www.alamo.com/en_US/car-rental/locations/us/jfkt71-jfk-international-airport.html
Von Manhattan zum Flughafen kann man mit Subway und Bus fahren, ist aber langwierig. Diverse Anbieter gibt es, die einen Shuttleservice zum Flughafen anbieten. Dass es keine bequeme direkte ÖPNV-Verbindung gibt, zeigt nur die unglaubliche Rückständigkeit der USA bzw. die notorische Fixierung auf das Auto. Diese Sammelgransporte, die man im Netz buchen kann, sind wohl die beste Kombination aus Geschwindigkeit und Preis, jedoch habe ich es auch erlebt, dass bei der Beladung mit Gepäck jegliche Sicherheitsvorkehrung unter den Tisch fiel... so wurde sogar der schmale Mittelgang mit Koffern zugestellt. Einwände, dass dieses wohl nicht mehr sicher sei, quittierte man mit Schulterzucken. Notfalls steigt man wieder aus. Supershuttle ist ein Name, der mir da gerade einfällt.