Hallo Wilfried und Anita!
Gratulation zur Wahl des Urlaubsziels! 
Meine Lieblingsinsel!
Wir wandern auch gerne und haben Deine genannten Varianten mit und ohne Hindernissen
hinter uns. Mit Stella haben wir 2 geführte Wanderungen gemacht und man kann sie, die ausgesuchten Routen und ihre ganze Art und Weise nur empfehlen! Wir waren Gruppen von 10-15 Leuten und sie hat unterwegs eine Menge erzählt über Land und Leute, das jeweilige Örtchen und auch über heimische Pflanzen, was z Bsp mich sehr interessiert.
Man trifft sich am Treffpunkt( seinerzeit das Hotel Naxos Beach1), die Fahrt im Kleinbus oder Taxis ist im Preis inbegriffen, ebenso wie eine gemeinsame Mahlzeit im "Zielort" in einer Dorftaverne ( einfach köstlich und spaßig!) sowie die Rückfahrt, ebenso mit Taxis von denen man im Ankunftsort wieder eingesammelt wird. Für die geführten Wanderungen ist eine eigenes Auto also nicht nötig.
Sehr empfehlen, auch als Grundlage für individuelle Touren ist der Michael-Müller-Reiseführer. In dem sind auch Tourvorschläge enthalten, nach denen wir auch schon Touren unternommen haben. Die Wege sind ausführlichst erklärt und wir haben es definitiv nicht geschafft, uns zu verlaufen
Unser Pech war nur einmal, dass auf einer Wanderung der vor uns liegende Hügel nicht "erklommen " werden konnte nach Plan, weil ein Bauzaun von oben nach unten den kompletten Hügel einnahm. Da mußten wir uns leider eigenständig einen anderen Weg suchen, was aber auch kein Problem war und uns nur ca 5 weitere km einbrachte. Wir waren halt 2009 mit der Reiseführerausgabe von 2006 unterwegs und waren nicht auf dem Neuesten Stand der Bautätigkeit auf Naxos. 
In der neuen Ausgabe ist diese Wanderroute auch nicht mehr vorhanden.
Naxos hat in der Hauptsaison eine sehr gute Busverbindung in alle wichtigen Orte der Insel, so dass ihr zum Startort mit dem Bus gfahren könnt und , sofern Euer Ziel ein Dorf ist, auch mit dem Bus in die Chora zurück fahren könnt. Das müßt ihr natürlich anhand des Busplans vorher planen, der sicherlich bei Euch im Hotel zu bekommen ist oder am " Busbahnhof" in der Chora am Hafen im Fahrkartenbüro.
Wir machen es mit dem Automieten meistens so, dass wir entweder ganz spontan für nur 1 Tag das Auto mieten oder vorher überlegen, was wir alles mit Auto (oder Roller) machen wollen. ( Empfehlenswert : Mikes Bikes und Cars gegenüber von Susannas Pizzeria) Anhanddessen haben wir auch schon mal eine Rundwanderung gemacht oder den Zas bestiegen. Hat auch was, wenn man sich am Ziel bzw am fuße des Bergs dann gemütlich erstmal ins Auto fallen lassen kann. 
Wie ihr seht, alles ist möglich. Ich würde auf keinen Fall für volle 14 Tage ein Auto mieten. Das ist meiner Meinung nach auf Naxos und mit Eurem Hotelstandort nicht nötig!
Bei weiteren Fragen oder konkreten Tourenfragen stehe ich gerne zur Verfügung!
Liebe Grüße und viel Spaß bei der Planung!
Anke
Meine Lieblingsinsel!
In der neuen Ausgabe ist diese Wanderroute auch nicht mehr vorhanden.