Von Seoul aus müsstet Ihr erst einmal nach Busan, um mit der Fähre nach Japan zu kommen. Innerasiatisch sind aber auch Flüge recht günstig. Wenn es richtig billig werden soll, mal bei den Lowcostern wie Zipair oder T'way schauen. Ggfls. auch Flüge von Seoul nach Fukuoka, statt nach Osaka oder Tokyo in Betracht ziehen und von dort aus mit dem Shinkansen weiter fahren.
Welchen Bezug habt ihr denn zu den Ländern? Daran würde ich die Planung orientieren, z.B. Orte, die ihr aus Filmen/Büchern kennt oder Kulinarik (in Japan ist z.B. Wagyu in Yakiniku Grills gut und günstig, falls ihr das mögt). In Japan finde ich es z.B. schon toll, einfach in einem Konbini oder 100 Yen Shop einkaufen zu gehen oder Games Center oder Tiercafes (z.B. Minipigs) zu besuchen. Wie entspannt das wird, habt ihr ja selbst in der Hand, jedenfalls sind zwei Wochen nicht per se zu kurz.
Ich würde aber dringend davon abraten, nur Touri Hotspots auf Honshū abhaken zu wollen. Japan, insbesondere Osaka/Kyoto und Tokyo sind zur Zeit sehr stark gefragt, manche sagen auch überlaufen. Daher am besten auch nicht so bekannte, aber schöne Städte wie Kanazawa in Betracht ziehen. Wenn es schon Kyoto (übrigens meine Lieblingsstadt auf der Welt) oder Tokyo sein müssen, dann an Tempeln und Schreinen am besten früh morgens aufschlagen (gibt mit Glück auch ein tolles Licht), bevor die Gruppen mit Fähnchen vorneweg einfallen, oder Alternativen in Betracht ziehen (statt "instagramable places" wie dem Arashiyama Bambuswald in Kyoto z.B. das Bambuswäldchen am Kodai-ji besuchen). Restaurants und Shops in direkter Nähe von Hotspots wie dem Senso-ji in Tokyo Asakusa sollte man auch meiden, für Küchenmesser u.ä. besser weiter zur Kappabashi Straße laufen. Die japanische Mehrwertsteuer bekommt man übrigens in Tax Offices auf seine Kreditkarte erstattet, wenn man sich im Visit Japan Web Portal dafür registriert hat, ist ohnehin für die Einreise dringend zu empfehlen. Für den ÖPNV nutzt ihr in Japan am besten eine so genannte IC Card (z.B. Suica oder Pasmo, die über die Apple Wallet ganz einfach digital erworben und flexibel aufgeladen werden können). Shinkansen kann man inzwischen (etwas umständlich) auch online buchen, der Japan Rail Pass ist inzwischen recht teuer geworden, dürfte für so einen kurzen Aufenthalt wahrscheinlich nicht lohnen. In Kyoto würde ich empfehlen, für die Übernachtungen in ein Ryokan zu investieren, das ist ein einmaliges Erlebnis, was die Serviceorientierung betrifft. Wir waren zuletzt mitten in der Altstadt in einem modern(!) aber trotzdem traditionell (Tatami Raum) eingerichteten Ryokan mit nur sieben Betten mit 24/7 Service, der stets dezent und aufmerksam für uns da war.
Im Oktober könnten Euch auch noch Taifune in Japan erwischen, hatten wir mal recht heftig Anfang Oktober, dann steht das Leben schon mal für 1-1 1/2 Tage still. Ich wünsche Euch, dass ihr davon verschont bleibt (und wenn nicht, ist es auch ein Erlebnis
) und viel Spaß habt!