Bequem ist die Hop on Hop Off Tour mit dem Bus. Dann musst du im Grunde nur an den verschiedenen Stationen nachlesen, was das ist, was es da zu sehen gibt.
Eine andere Möglichkeit wäre mit einem Taxifahrer auszuhandeln, dass er euch einen halben Tag oder einen Tag durch die Gegend fährt. In aller Regel sprechen die gut Englisch. Mit Deutsch wird´s aber schwierig.
Melaka fand ich selbst sehr schön und eben auch ganz anders als Kuala Lumpur. Ob ihr bei nur 3 Nächten (also 2 vollen Tagen) und wenn ihr vielleicht noch etwas shoppen wollt und vielleicht bei KL noch die Batu Caves ansehen wollt, gleich einen ganzen Tag damit verbringen wollt nach Melaka zu fahren und euch das anzusehen, ist einfach eine Frage des Reisestils.
Aber auch zu Fuß oder mit den sehr günstigen Taxis geht vieles, was natürlich erfordert, dass man selbst irgendwie weiß, was man alles so sehen will.
Ich würde dir glatt einen Link zu meinem Malaysia-Reisebericht schicken mit genaueren Beschreibungen von dem, wie ich Melaka und KL fand, aber auch nur per PN.