Hatte ich als Antwort für Bernd auf seine Frage im falschen Unterforum geschrieben. Da der von fraenni verlinkte Thread geschlossen ist, mache ich mal einen neuen auf:
Beste Reisezeit m.E.: Mai, nach der golden Week bis max. zu den japanischen Sommerferien. Danach wird es zu nass/warm, im Herbst drohen Taifune, die Kirschblüte im Frühjahr ist zu überlaufen und aus europäischer Sicht überbewertet. Ich fahr jetzt mal Winter über Silvester, ist eine neue Erfahrung für mich, dazu muss man aber wissen, dass der Jahreswechsel in Japan ein stilles Familienfest ist wie bei uns Weihnachten, es gibt auch keine großen Countdowns mehr in Shibuya oder am Tokyo Tower, um die Ausländer vom (alkoholisierten) feiern abzuhalten.
Reiseroute für das erste Mal am besten an den "best of Japan" Rundreisen der Veranstalter orientieren, ich kann so eine Rundreise durchaus empfehlen, war auch meine erste Japantour, macht vieles einfacher, wenn alles durchorganisiert ist und z.B. das Gepäck vorgeschickt wird (mit Gepäck in öffentlichen Verkehrsmitteln verreisen in Japan nur Gaijin=Ausländer, in Bussen ist es z.T.verboten, im Shinkansen gibt es Größenlimits oder man muss Spezialplätze resevieren). Man kann sich zwar auch ohne japanisch zu sprechen in Japan orientieren, aber leicht hat man es bei (online) Reservierungen, etc. ohne Japanischkenntnisse nicht, ausländische Touristen sind eindeutig nicht die Zielgruppe der Anbieter, das unterscheidet Japan stark von anderen Ländern auf der Welt.
Leider musst Du derzeit auch davon ausgehen, dass die Tourihotspots hoffnungslos überlaufen sein werden, viel Corona Nachholbedarf und der Irrglaube aufgrund des schwachen Yens günstig wegzukommen, lässt momentan die halbe Welt nach Japan reisen.
Tipps abseits der Tourihotspots, neben den von Dir genannten noch Hakone, Nara, Miyajima, hängt davon ab, was Du bereits von der japanischen Kultur durch Filme/Bücher o.ä. kennst und magst. Ich empfehle einfach am lokalen Leben teilzunehmen, im Kombini oder 100 Yen Shop einkaufen, kulinarische Spezialitäten in Bars, Bäckereien ind Restaurants probieren, eine Pachinkohalle besuchen, etc., man wird Dir überall freundlich und zuvorkommend begegnen, trotz der Sprachbarriere (die lässt sich gut per App oder englischen Notizen überwinden, nur mündlich wird es auf englisch w/ des drohenden "Gesichtsverlustes" selten eine Antwort geben).