Hallo Anke,
wir haben von Piräus aus die Bahn in die Stadt genommen. Super bequem und Stau unempfindlich. Wir sind es eben gewohnt viel zu laufen und so haben wir uns vorab eine Runde zu Fuß für die Sehenswürdigkeiten in Athen überlegt. Ist alles sehr gut machbar.
In Santorini werdet ihr vermutlich auch tendern. An der Anlegestelle gibt es dann die Möglichkeit entweder nach oben zu laufen, die Bahn zu nehmen oder Esel zu bemühen. Prinzipiell könnt ihr dort auf eigene Faust losziehen. Die öffentlichen Busse bringen euch für ein paar Cent fast überall hin.
In Kusadasi haben wir einen Schiffsausflug nach Ephesus gemacht. Das war uns aufgrund der langen Fahrtzeit zu risikant bzw. gab es keine bequeme Möglichkeit dorthin zu kommen. Allerdings sind wir am Ende dann noch in einer Teppich-Verkaufsveranstaltung gelandet 
Zu den anderen Häfen kann ich dir leider nichts sagen. Ich hoffe, ich konnte ein wenig weiterhelfen. Wenn du konkrete Fragen hast, immer raus damit 
Viele Grüße und viel Spaß beim Planen
Sonnenkind