Also ich würde mit der Silver Line bis zur South Station fahren evtl. dann dort noch ein Stückchen weiter mit einer der T-Linien (U-Bahn).
Von der South Station kannst Du Richtung Norden an der Waterfront (Rowes Wharf) Richtung Aquarium, Quincy Market/Fanieul Hall laufen - seitdem die frühere Schnellstraße untertunnelt ist, eigentlich auch ganz gut zu laufen.
Von dort aus entweder weiter durchs North End oder westwärts über Old State House Richtung Downtown und Boston Common (dort beginnt der Freedom Trail).
Wie lange habt ihr denn Zeit in Boston?
Wenn die Zeit reicht, wie schon gesagt, auf jeden Fall auch Back Bay und Beacon Hill noch mitnehmen.
Alternativ könntet ihr auch zuerst an der South Station mit der Red Line nach Cambridge/Harvard fahren und danach nach Boston in die Stadt.
Die Fahrkarten kann man immer im Bus oder an der jeweiligen T-Haltestelle kaufen, einfache Fahrt hat zuletzt 2$ gekostet, evtl. kann sich schon eine Tageskarte lohnen; bin mir aber nicht sicher, obs die auch im Bus gleich zu kaufen gibt.
Außer Boston-Cambridge ist echt so gut wie alles zu Fuß zu machen.