Die Einreise erfolgt bereits in Bangkok an der Transit-Immigration am Ende des Concourse vor dem Abfluggate zu den Inlandsflügen.
Auf das in deinem Fall durchgeroutete Gepäck musst du auf Samui i.d.R. nicht lange warten, deines sollte auf dem Gepäckband für internationale Ankünfte liegen, es gibt auf Samui zwar noch eines für nationale Ankünfte, aber meistens liegt das Gepäck auf dem 'richtigen' Band.
Der Transfer zum Nathon Pier ist bei Online-Buchung der Lomprayah inklusive, im worst case nimmst halt ein Taxi für die weniger als eine Stunde Fahrtzeit vom Airport zum Nathon Pier ... kurz, bei pünktlicher Ankunft aus Bangkok sollten die etwas mehr als 2 Stunden also reichen.