Also ich bin dieses Routing (BKK -> AUH -> DUS) Etihad in Kombination mit AirBerlin bereits mehrfach geflogen. Das Gepäck wird durchgecheckt und man bekommt auch die Boardkarten für den AirBerlin Flug bereits in BKK. Man kann auch durchaus Einfluss auf den Sitzplatz für den AirBerlin Flug nehmen. Wenn die gewünschten Plätze bereits reserviert sind, wird man aber nichts mehr machen können.
Bzgl. des Online-Check-ins kann ich in dieser Richtung leider keine Infos geben. Das habe ich immer nur von Deutschland nach Thailand genutzt. Hat aber immer gut funktioniert.
Das mit den Plätzen in der letzten Reihe würde ich mir aber noch einmal überlegen, da diese Sitze häufig nur eingeschränkt oder sogar gar nicht nach hinten gelehnt werden können.