Bei den Flügen mit Qatar Airways, welche man im Rahmen einer Pauschalreise bucht, wird es sich, sehr wahrscheinlich, ausschließlich um Linienflüge handeln. Ich kann mir nicht vorstellen, dass Reiseveranstalter einen kompletten Charterflug von Qatar Airways durchführen lassen. Man bucht somit immer einzelne Plätze auf einem der "normalen" Linienflüge von Qatar Airways. Evtl. haben einzelne Reiseveranstalter aber bestimmte Kontingente bei Qatar Airways gebucht/geblockt.
Bzgl. der Kosten für die Sitzplatzreservierung kann ich sagen, dass dies mit dem gebuchten Tarif zusammenhängt. Bucht ein Reiseveranstalter einen höheren Tarif ist sie ggf. kostenlos. Dies kann dann z.B. auch eine höhere Freigepäckmenge beinhalten. In den günstigen Tarifen muss die Sitzplatzreservierung extra bezahlt werden.
Ob die Sondermahlzeiten noch kostenlos gebucht werden können, kann ich aktuell nicht sagen. Bei meinen letzten Flügen mit Qatar Airways im April war das über die Verwaltung der Buchung noch möglich. Hierbei handelt es sich aber explizit um Sonderessen (z.B. vegan, glutenfrei, Seafood usw.). Das "normale" Essen kann ganz normal an Board aus i.d.R. drei unterschiedlichen Gerichten ausgewählt werden.