Aus meiner Sicht tun sich Emirates und Qatar Airways nicht viel. Sie gehören beide zu den besten Airlines. Die Unterschiede sind für mich sehr gering, weshalb ich keine direkt bevorzugen würde.
Ich würde meine Entscheidung daher in erster Linie von den Flugzeiten abhängig machen, wobei ich Nachtflüge bevorzuge und der Zwischenstopp nicht mehr als drei Stunden betragen sollte. Als zweites Kriterium würde ich die geplanten Flugzeuge mit einbeziehen, wobei sich diese immer noch ändern können. Der A380 ist dort aus meiner Sicht deutlich besser als die B777, welche in der Economy bei 3-4-3-Bestuhlung wirklich eng ist (bei beiden).
Der Flughafen in Doha ist neuer und auch etwas großzügiger, was den Platz angeht. Teilweise führt das aber zu langen Laufwegen. Das kam mir in Dubai kürzer vor.
Bzgl. der 2er Sitzreihen kann ich dir sagen, dass die B777 bei beiden in den hinteren Reihen diese 2er Sitzplätze haben, wobei es bei Qatar Airways tatsächlich nur die wirklich letzte Reihe ist. Bei Emirates gibt es in manchen A380 (wenn es keine First gibt) auch Economy Sitze im Upper Deck. Dort gibt es auch 2er Reihen.
Wenn die Verbindung mit den 1:20 Stunden von Qatar so angeboten wird sollte das auch zu schaffen sein, wobei das aus meiner Sicht schon ziemlich sportlich ist und wahrscheinlich nur zu schaffen ist, wenn der erste Flug pünktlich ist. Wir sind am Sonntag alleine knapp 20 Minuten mit dem Bus vom Flugzeug zum Terminal gefahren worden. Dort kommt dann noch eine Sicherheitskontrolle (kann auch länger dauern) und danach steht noch der Weg zum Gate an und die Wege können wirklich ziemlich weit sein (Zug benutzen!).