Hallo,
ich kenne beide Seen aufgrund einer eigenen Ferienwohnung am Luganer See.
Man kann beide Seen eigentlich nicht miteinander vergleichen. Der Lago Maggiore ist weitläufiger und wesentlich besser umfahrbar. Von Verbania aus gibt es eine stratefisch gute gelegene Fähre nach Laveno (35€ für PKW+2 Erwachsene).Am Comer See gibt es gleich mehrere Verbindungen.
Ordentliche Übernachtungsmöglichkeiten am Maggiore gibt es zahlreiche, auch in deinem Preissegment. Ich kann dir noch das Camin Hotel in Luino sowie das del Sole in Porto Valtravaglia empfehlen.
Der Comer See ist wesentlich unzugänglicher. Für die ca. 30km von Como nach Bellagio kannst du locker eine ganze Stunde einplanen. Die Straßen sind eng und äußerst kurvenreich. Der Maggiore kann da bei weitem nicht mithalten.
Ferner kommt man am Comer See eher selten direkt an das Wasser, und wenn nur über einen längeren Abstieg. Am Lago Maggiore führt die Straße meist direkt am Ufer entlang und es gibt viele wilde Strände.
Insgesamt ähnelt der Lago Maggiore mehr dem Gardasee. Der Comer See ist schmaler und "uriger". Auf der Fahrt am Comer See passiert ihr viele alte, abenteuerlich in den Hang hineingebaute Dörfer. Dort scheint es, als wenn die zeit stehen geblieben wäre. Zudem besitzt Como eine schöne Innenstadt mit der Fußgängerzone durch die Altstadt.
Wenn ihr einen etwas anderen See als den Gardasee kennenlernen wollt und euch enge, kurvenreiche Straßen nichts aus machen, fahrt an den Comer See. Wenn ihr baden wollt und weniger fahren wollt, dann ist eher der Maggiore der richtige See.
Aufgrund der räumlichen Nähe (max. 45min) würde ich aber zumindest jeweils einen Abstecher zum anderen See machen.
PS: Die Gegend südlich von Stresa bzw. Laveno am Lago Maggiore lohnt nicht. Schlagartig wird es flach und die Industrie nimmt sehr stark zu. Daher würde ich euch die Fähre sehr ans Herz legen. Ansonsten lohnt vielelicht noch ein Abstecher zum Monte Rosa (Macugnaga), von Verbania brauchst du etwa 45-60min.