Hallo,
es ist nicht erforderlich, die Heiratsurkunde in DEU "registrieren" zu lassen (also Nachregistrierung im deutschen Eheregister). Die in Kenia geschlossene Ehe ist auch ohne Aufnahme in das deutsche Eheregister in DEU "gültig", also wird anerkannt. Einzige echte Voraussetzung ist der Eheschluss in "ortsüblicher Form", also in Kenia standesamtlich.
Falls Ihr aber die Aufnahme in das deutsche Eheregister wünscht, kann dies nur in DEU, bei dem Standesamt Eures gemeinsamen Wohnsitzes erfolgen.
Das sollte aber, da nicht eilig, erst erfolgen, nachdem Deine Frau nach DEU umgesiedelt ist.
Sie benötigt das Original der Urkunde ja auch noch zur Beantragung des Visums.
Eine Apostille (sogen. "Überbeglaubigung"), wie in einem Nachfolgebeitrag angemerkt, könnte nur durch eine zuständige Behörde des Ausstellerstaats (also Kenia) erfolgen, ist aber nicht erforderlich.
Eine deutsche Behörde, z.B. die deutsche Botschaft, legalisiert höchstens Urkunden eines fremden Staats - im Falle Kenias aber gerade nicht, da Kenia zu den Staaten mit "unsicherem Urkundenwesen" gehört und die Legalisation nicht möglich ist. Es käme das Ersatzverfahren "Urkundenprüfung" durch Vertrauensanwalt der Botschaft zum Tragen. Dieser Prozess kann aber nur amtlich, nicht durch den Ukundenbesitzer angestoßen werden.
Diese Urkundenprüfung erfolgt i.d.R. "automatisch" im Rahmen der Visumbeantragung (Nationales Visum zur Familienzusammenführung) durch die Botschaft veranlasst. Falls im Einzelfall die Urkunde(n) nicht schon im Visumprozess geprüft werden sollten, würde diese Urkundenprüfung spätestens bei Beantragung der Nachregistrierung durch das zuständige Standesamt in DEU veranlasst werden.
Sollte erwartungsgemäß die Heiratsurkunde im Rahmen der Visumbeantragung geprüft werden (Urkundenprüfung durch Vertrauensanwalt der Botschaft), erhält sie nach erfolgreicher Prüfung einen Referenzvermerk darüber - und wird dann nach Einreise Deiner Frau in DEU damit ohne weitere Prüfung auch zur Nachregistrierung durch das deutsche Standesamt anerkannt (sofern Ihr die Nachregistrierung anstreben solltet).
Also noch einmal ganz deutlich: Es ist für das Visumverfahren nicht erforderlich, dass die Ehe in DEU nachregistriert ist. Ist es trotzdem von Euch gewünscht, erfolgt dies nach Einreise Deiner Frau in DEU.
Das Merkblatt für das Visum zur Familienzusammenführung (Dein "Langzeitvisum") findet sich hier:
http://www.nairobi.diplo.de/contentblob/3988178/Daten/7786722/down_visa_KEN_Familie.pdf
Falls Du weitere aufenthaltsrechtliche oder damit zusammenhängende Fragen hast (und die wird es erfahrungsgemäß geben...), kann ich Dir, bei aller Wertschätzung für dieses Reiseforum, das kompetente Fachforum für aufenthaltsrechtliche Fragen empfehlen:
http://www.info4alien.de/
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Gruß