Transit ist Ausland - Ausland.
Normalerweise (bei mir war es halt immer so) sind Inlandsflüge, im Schengen-Europa auch diese Flüge, ohne Zollkontrolle für's Gepäck und ohne Passkontrolle für die Reisenden.
Beispiel: fliegst Du von Kenia mit Egyptair über Frankfurt nach Düsseldorf, bist Du zwar in Kairo "im Transit" und brauchst kein Visum.
Wenn Du in Frankfurt landest musst Du als erstes durch die Passkontrolle der EU-Außengrenze. Eine weitere Personenkontrolle in Düsseldorf wird es nicht mehr geben.
Dein (durchgechecktes) Gepäck hat keinen EU Gepäckanhänger und wird erst in Düsseldorf vom Zoll kontrolliert.
Umgekehrt (Düsseldorf nach Nairobi) wird Dein Pass von der Polizei normalerweise nicht in Düsseldorf. wohl aber in Frankfurt kontrolliert. In Kairo bist Du wieder Transitpassagier.
Oft ist es sogar notwendig, beim Wechsel vom internationalen Flug zu einem grenzkontrollfreien Flug Dein Gepäck persönlich zu transferieren (neu einzuchecken).
Es gibt in der Tat manche Flüge, wo die Inlands-Zubringerflüge bereits als "international" abgefertigt werden und alle Passagiere durch die Passkontrolle müssen. Nur habe ich mir das für Kenia nicht vorstellen können: manchmal fliegendie MBA-NBO Flieger statt mit drei Flügen nur mit einem am ganzen Abend, da kann ich mir einen rein internationalen gar nicht vorstellen - und dass umgekehrt internationale und lokale Passagiere gemischt in einen Flieger dürfen? Möglich ist alles, deshalb interessiert's mich ja so 
Lg