Übrigens ist Santorini von Naxos ungefähr doppelt so weit entfernt wie Mykonos...
Habe mir gerade mal ein paar Fährpreise herausgesucht (alle Verbindungen liegen jedoch offenbar noch nicht vor), und zwar jeweils mit der Schnellfähre Seajets zu irgendeinem x-beliebigen Termin im Juni (weiß ja nicht, wann Du fahren willst):
Mykonos - Naxos - Mykonos: 57 € (Dauer ca. 35 Minuten)
Santorini - Naxos - Santorini: 84 € (Dauer ca. 1,75 Std.)
Wie Barbara56 schon schrieb: Schreib' doch einfach mal das Hotel an (häufig bekommt man in GR irgendwelche Rabatte oder Upgrades, wenn man direkt bucht) bzw. schaue, was die Veranstalter, booking.com, expedia.de usw. für das gwünschte Zimmer nehmen würden, vergleiche die Flugpreise (nach Mykonos oder Santorin) und überprüfe, ob Du nicht günstiger dabei weg kommst, wenn Du selbst buchst...
Da man die letzte Nacht sinnvollerweise eh auf der Insel des Abflughafens verbringt, verwundert mich dieses "Pauschalangebot" sehr...