Hallo,
vom Flughafen in Athen fahren Busse an den Hafen. Allerdings fährt nur morgens und gegen spätnachmittags eine Fähre von Piräus Richtung Naxos. Vielleicht noch eine Nacht in der Nähe vom Hafen in Piräus verbringen und dann gleich morgens auf die Fähre. Dauer ca. 4,6 h. Wie es mit den Schnellfähren aussieht, weiss ich nicht. Sind dann auch erheblich teurer.
Alternativ kann ich dir noch Flug Athen - Naxos empfehlen. Geht ruckzuck (ca. 40 min) und du bist eigentlich in 10 Minuten in Naxos-Stadt. Preis einfach 80 Euro.
Einen schönen Tag wünscht dir Barbara.