Ich war schon zwei mal individuell in Japan und kann es jedem nur empfehlen. Wende Dich an die von Issy angebene Adresse und laß Dir Material schicken, es ist sehr!!!! hilfreich.
Ich habe fast immr in Ryokans übernachtet (die von der preisgünstigen Sorte, es gibt auch Luxusvarianten, aber die werden in dem Material von JNTO nicht angegeben. Die Prospekte mit den Budgetryokans sind zweisprachig und-schriftig, sehr nützlich, wenn Ihr zB dem Taxifahrer das Fahrtziel angeben muß (ist mir in Hiroshima so gegangen). Ihr habt dort die Wahl zwischen Western Style Room oder Tatamizimmer. Viele haben einen eigenen Onsen , Waschmaschine und bieten Frühstück an.
Wenn Ihr viel mit dem Zug fahren wollt, gibt es zwei Möglichkeiten: entweder die preisgünstigeren Privatbahnen nehmen oder für Japan Railways eine Wochenkarte (Netzkarte) kaufen (hier in D!!!). Die Netzkarten gelten auch für die Fähren die Japan Railways betreibt.
Essen bekommt Ihr gut und günstig in den schon erwähnten Restos mit Plastikmodellen im Show-Windo-Yana (Schaufenster) oder in 7Eleven (unglaubliche Auswahl, wird alles nochmal eingepackt und Ihr bekommt Stäbchen und Servietten). Und die "Freßetagen" der Kaufhäuser lassen selbst das KaDeWe alt aussehen, wobei man in Japan alles kostenlos probieren durfte. ÜBERALL stehen Getränkeautomaten, selbst in Klöstern, Wahnsinn! KEIN Trinkgeld geben, ist Beleidigung!
Pflichtstationen: Kyoto, Nikko, Nara, Hiroshima mit der heiligen Insel, deren Namen mir gerade nicht einfällt.
Was ich in Japan erlebt habe: es war sehr nützlich, sich als Deutsche zu erkennen zu geben (Doitsu), denn die dort stationierten Amis sind nicht gerade beliebt, reisen aber auch durch das Land (in Zivil natürlich).
Japan ist klasse!!! Ich war einmal mit British Airways, einmal mit Aeroflot dort, beide Gesellschaften nehmen sich auf dieser Strecke nichts!