Hallo Carsten,
das hat weder etwas mit dem Flughafen Atlanta noch mit der Airline zu tun, sondern mit der Einreise in die USA.
Atlanta ist der erste Ort, in dem Du amerikanischen Boden betrittst (auch wenn es nur zum Umsteigen ist, übrigens selbst dann, wenn Du in den USA umsteigst und Dein Endziel außerhalb der USA läge, z.B. Mexiko). Du musst in Atlanta durch die Immigration und den Zoll. Für den Zoll musst Du Dein Gepäck aufnehmen und darfst es unmittelbar danach wieder abgeben. Technisch gesehen, wird das Gepäck durchgecheckt, d.h. die Banderole am Koffer zeigt Atlanta als Zwischenziel und San Juan als Endziel. Das Wiederaufgeben geht in der Regel recht schnell. Man gibt sein Gepäck nur an das wartende Personal bzw. legt es auf ein Laufband.
Zeitaufwändig kann die Immigration werden. Der Zoll ist auch meist recht schnell. Ebenfalls zeitaufwändig kann die nochmalige Sicherheitskontrolle werden, bevor man endlich zum Gate des Weiterflugs gehen kann.
Aber drei Stunden sollten eigentlich ein ganz gutes Polster sein! Unter zwei Stunden würde ich nichts mehr buchen.
Gruß
Carmen