...ich bin zwar keine Frau, kann Dir aber unbedingt empfehlen die Reise auf eigene Faust mit der entsprechenden Vorplanung zu machen. Hol Dir einen guten Reiseführer (z.B. Tondok), reserviere Dir die Hotels vor ab und organisiere Deine Zugtickets direkt in Cairo am Bahnhof. Habe ich auch immer so gemacht.
Ich habe immer wieder allein oder zu zweit reisende Frauen in Ägypten erlebt und ich muß beate widersprechen, denn alltäglich sind die Belästigungen in Hotels nicht, sondern eher die Ausnahme. Bei Reisen durch das Land ist die Gefahr einer Belästigung noch geringer, weil man sich eben abseits der Touristenrouten bewegt.
Mache Dir am besten einen groben Plan was Du Dir ansehen möchtest, dann überlege Dir den bestmöglichen Reiseablauf, suche Dir entsprechend Deiner Vorlieben die Hotels heraus und stelle die einzelnen Zug-/Busfahrten zusammen. Dann kannst Du mit diesen Daten reservieren/buchen (günstiger) oder Du fährst die Hotels spontan direkt an (teurer).
Viel Spaß bei der Vorbereitung...