Ja, denn ich gehe davon aus, dass Du die Flüge für Euch zum selben Zeitpunkt gebucht hast (also nur einen „filekey“/Buchungscode besitzt). In diesem Falle fragt Dich das System am Automaten, ob der Prozess für weitere Reisende fortgesetzt werden soll, nachdem Du Dich identifiziert (also eingecheckt) hast.
Das System funktioniert ebenso, wenn Du Deinen Vor- und Nachnamen zusammen mit dem Buchungscode am Automaten eingibst.
Du kannst jedoch auch online über die Lufthansa-App einchecken, sofern Du sie auf Deinem Handy hast.
Online-check-in über Homepage funktioniert ebenfalls.
Da Du ohnehin Gepäck aufgeben möchtest, ist es nicht zwingend erforderlich die Bordkarte (z.B. beim online-check-in daheim) auch auszudrucken. Das erfolgt dann am Schalter bei der Gepäckaufgabe.
Auf jeden Fall wird es von Hamburg bis Malta abgefertigt und Du musst Dich in Frankfurt nicht mehr um Dein Gepäck kümmern.