Für einen Kurz- oder Mittelstreckenflug würde ich niemals durch ganz Deutschland zu einem anderen Flughafen fahren, es sei denn, man kennt bspw. jemanden in der Nähe, den man bei dieser Gelegenheit mal wieder besuchen kann. Lieber verzichte ich dann, wenn mir der Flugpreis zu teuer erscheint.
Ausnahme: ich möchte unbedingt in ein Zielgebiet fliegen, zu dem es keinen Flug vom nächstgelegenen Flughafen gibt, dann fahre ich schon mal so 2-3 Stunden zu einem anderen.
Bei einem Langstreckenflug ist mir auch eine gute Verbindung am wichtigsten, also evtl. mit innerdeutschem Anschlußflug.
Die Fluggesellschaft ist absolut nebensächlich, mit irgendwelchen dubiosen Chartergesellschaften fliege ich aber nicht.