Du erwartest eine Einschätzung, dies ist nur möglich mit präzisen Angaben.
Sofern es sich um den identischen Flug handelt, der lt. euren Reiseunterlagen vorgesehen war und wurde dieser um eine Zwischenlandung "bereichert", dann ist die VO zu den Fluggastrechten anzuwenden.
Will heißen: Ihr hattet lt. eurer Unterlagen Tickets für den Flug XY0815 mit NCB Airlines direkt von AYT nach CGN. Am Flughafen angekommen erfuhrt ihr beim Check-In zum Flug XY0815, dass entgegen der ursprünglichen Planung in IST ein Zwischenstop von 3+n Stunden eingelegt wird, woraus eine Ankunftsverspätung in CGN von 3+n Stunden resultierte.
In diesem Falle wäre unter Berufung auf die VO(EG)261/04 bei der Airline Beschwerde zu führen und beliefe sich der Anspruch auf € 400 pro Fluggast (ausgenommen No-Seat Babies).
Erlaube mir diese detaillierte Erklärung, damit du sicher weißt worum es geht.
Eine solche Änderung der Routings ist gelinde gesagt unüblich.
Daher die Frage: War es nicht etwa ein komplett anderer Flug, mit welchem ihr von AYT via IST nach CGN gelangt seid, dessen Routing von vorn herein so geplant war?
Es spielt keine Rolle, was in den Voucherheftchen, der Reisebestätigung etc. steht - maßgeblich ist die Frage, ob der Flug planmäßig durchgeführt wurde und ganz einfach nicht der war, den ihr ursprünglich gebucht hattet? Oder ob es der ursprünglich gebuchte war (wie schon Diva schrieb: Identische Flugnummer) war, der kurzfristig via IST umgeroutet und somit verspätet in CGN war.
Deine Reiseunterlagen und Voucher inklusive Angaben des Veranstalters gehen die Airline nichts an. Abweichungen müssen ggf. auch beim Veranstalter moniert werden.
Anders verhält es sich, wenn - wie oben geschildert - der Flug von der Airline abgeändert und aus einem ursprünglich geplanten Direkt- ein Umsteigeoperating mit >3h Aufenthalt wurde.
Du brauchst also nicht dauernd wiederholen, wo überall 0 Stops vermerkt waren, das spielt für die grundsätzliche Frage keine Rolle zur Klärung deiner Ansprüche und an wen sie ggf. zu richten sind ...