Ohhhh! Herzlichen Glückwunsch, super Entscheidung!
Japan war für mich DIE Reiseüberraschung der letzten Jahre, übrigens auch im Oktober (2016). Ich war 5 Nächte in Tokio, eine Nacht in Kawaguchiko (leider verregnet und somit keine Traumaussicht über den See zum Fuji, dafür ein schönes Ryokan-Hotel) und 4 Nächte Kyoto, Rückflug von Osaka aus.
Auf Ryokan solltet ihr nicht verzichten. Erst da hatte ich das Gefühl in Japan wirklich angekommen zu sein und mich ein bisschen in den Film Shogun versetzt gefühlt.
In Kyoto hätte ich mehr Zeit gebraucht, in Tokio nicht unbedingt. An eurer Stelle würde ich Zeit in Tokio abknapsen und vielleicht mit Übernachtung nach Hiroshima fahren, und evtl. bringt ihr Osaka dann auch noch für einen Schnupperkurzstopp mit Übernachtung unter!
Ich hatte den Railpass für 7 Tage und finde, er hat sich absolut gelohnt, schon alleine, da es bequem ist: Einsteigen und losfahren ohne Fahrkartenkauf! Zumindest für 7 Tage lohnt er sich, wenn man wie ihr mit dem Zug nach Kyoto und zurück und vielleicht noch weiter nach Himeji oder Hiroshima will, bei vielen geplanten Ausflügen lohnt er sich vielleicht auch für 14 Tage
Zunächst: Auf Osaka hatte ich nach Recherche verzichtet und habe nicht bereut, dass ich in Kyoto geblieben bin. Kyoto ist wunderbar, und ich sehe es ganz und gar nicht so, dass man da nichts machen könnte: Bars, Lokale, wunderschöne Gegenden zum Bummeln und Essengehen, Theater mit japanischer Tanzaufführung (Gion Odori, im Oktober ist die Zeit dafür), nachts zu einem der Schreine. Achtet unbedingt darauf, ob es schon Illumination der beginnenden Herbstlaubfärbung gibt. Bei einem Tempel hatte ich Ende Oktober schon das Glück.
Überlegt euch in Kyoto ein Fahrrad zu mieten. Manch einer rät davon ab, weil man nicht überall parken darf, aber ich hatte an dem Tag mit Fahrrad viel Spaß, habe einige Tempel damit abgeklappert. Und man muss keine Angst haben, dass es gestohlen wird! In Japan stehen übrigens auch Leute unbesorgt mit offenen Handtaschen in der vollen U-Bahn, was allerdings kein Rat sein soll nicht auf seine Sachen aufzupassen 
In Kyoto hatte ich mein Hotel in Sanjo (Piece Hostel), wobei das kleine Doppelzimmer mit Bad mir definitiv zu klein gewesen wäre, hätte ich es nicht allein genutzt. Der Stadtteil ist klasse! Man kann zu Fuß nach Gion und in andere Ausgehviertel, zum Nishikimarkt und - wenn du magst - shoppen ohne Ende von dort aus.
In Tokio war ich in Ueno, einem etwas ruhigeren Stadtteil. Um mein Hotel herum (Dormy Inn Ueno Okachimachi) war auch so ein Viertel mit kleinen Lädchen, leider relativ viel Billigzeugs, viele Lokale, der Park in der Nähe... Vor allem konnte ich dort gut in Züge zu Ausflügen einsteigen und Ueno ist total easy vom Narita aus zu erreichen.
Im Grunde kannst du in Tokio in der Nähe jeden Bahnhofs der Yamanote-Linie dein Hotel nehmen. Überall haben sich an den Bahnhöfen Zentren gebildet mit allem, was du zum Wohlfühlen und zur Unterhaltung brauchst. In der Nähe des Yoyogi-Parks hätte ich mich sicher auch wohl gefühlt. Da geht es etwas jünger und peppiger zu, und Shibuya und Shinjuku, wo man sich beim Shopping verlieren kann, sind nicht weit weg.
Bitte frage gerne, wenn ich dir helfen kann. Ich hatte so riesigen Respekt vor Japan, weil es überall hieß, es sei sprachlich so schwierig, aber es war alles super-easy und wunderschön. Das klappt bestens, wenn man nicht darauf besteht, dass jeder perfekt englisch kann. Die sind da sehr findig, und viele Infos findest du schriftlich, wo immer du sie brauchst. Nur manchmal hatte ich das Gefühl inmitten von Restaurants verhungern zu müssen, weil ich nichts lesen konnte, draußen aufgehängte englische Speisekarten nicht unbedingt Standard sind und nicht immer dabei steht, ob man nicht arm wird dort. Geht einfach rein und fragt, es lohnt sich. Zum Schluss habe ich mich sogar in so ein Sushi-Lokal mit Laufband und Bestellung an einem Monitor über dem Platz getraut
Die Internet-Seiten von Japan Guide kennst du sicher schon? Die sind Gold wert!
Und was ich absolut unentbehrlich, komfortabel und jeden Cent wert fand, war ein gemietetes Pocket-WIFI, mit dem ich jederzeit auf Google Maps nachsehen konnte, wie ich jetzt zu welchem Ort komme, wann ein Zug fährt, ob ich besser den Bus nehme oder die U-Bahn usw. Das holt man am Flughafen bei der Post ab und wirft es vor dem Rückflug in einem mitgelieferten Umschlag einfach am Flughafen in den Briefkasten.
Und ja, die Suica habe ich in Nikko, in Tokio und in Kyoto in allen Nahverkehrsmitteln einsetzen und sie überall wieder aufladen können. Auch die hat vieles einfach gemacht.
und zitiere mich hier mal selbst: