In eurem Fall könnt ihr das Gepäck leider nicht bis nach Samui durchchecken lassen, da ihr der Flug nach Bangkok und der Flug nach Samui auf unterschiedlichen Tickets stehen (weil separat gebucht). Ihr müsst daher auch erst in Bangkok einreisen, bevor ihr die Koffer bekommt.
Genau dort kann es zu zeitlichen Problemen kommen, da es bei der Immigration manchmal zu sehr langen Wartezeiten (habe schon von über drei Stunden gelesen, was aber wohl eher Ausnahmen waren) kommen kann. Ich würde daher reichlich Puffer einplanen. Die, von dir genannten, 3,5 Stunden passen aus meiner Sicht, wobei ihr dann wahrscheinlich relativ lange warten müsst, wobei mir das Warten lieber ist als einen Flug zu verpassen.
Ihr müsst zudem aufpassen, dass ihr einen Flug ab Suvarnabhumi (BKK) und nicht ab Don Mueang (DMK) bucht. Wirklich direkt nach Samui fliegt nur Bangkok Airways und die fliegen ab BKK.
Ab DMK werden auch "Flüge" nach Samui angeboten (z.B. AirAsia, Nok Air...). Die Flüge gehen dann zu einem Airport auf dem Festland und man wird per Bus und Fähre nach Samui gebracht. Der Don Mueang Airport ist aber wirklich ein anderer (älterer) Flughafen. Für euer Szenario mit Ankunft in BKK und direkter Weiterreise nach Samui kommt es aus meiner Sicht aber nicht in Frage.