Hallo Mark,
nachdem ich dieses Jahr an Ostern nahezu die selben Planungen in die Tat umgesetzt hatte, kann ich dir hier nun etwas aus eigenen Erfahrungen zu deinen Fragen sagen:
Thema Hurricans:
Die Chance auf Hurricans im Juni ist gleich null. Die Saison beginnt im Regelfall (mit so etwas muss man ja nach diesem Jahr vorsichtig sein) erst im Juli. So gesehen sollte da nichts passieren.
Thema Wetter/Jahreszeit:
Geschätzte 30-32°C, so gesehen absolut empfehlenswerte Zeit, schon allein rein preislich (Nebensaison). Die Wassertemperatur ist natürlich immer abhängig von dem jeweiligen Ort. In Daytona ist das Wasser ne Ecke kälter als beispielsweise in Key West, aber so im Schnitt wird es sich zwischen 24 und 27°C bewegen.
Was du dir unbedingt ansehen solltest:
Über dieses Thema kann man jetzt seitenweise schreiben, denn es gibt einfach endlos viel anzusehen. Dazu ein paar persönliche Anmerkungen:
Da ich kein Fan von den Parks war, hab ich mir Orlando erspart, aber da soll es ja ganz andere Meinungen geben. 
) Insofern kann ich dazu nichts sagen.
Was ich als absolute Pflicht nur empfehlen kann:
# Everglades und ne Airboat-Tour
# Mietwagentour nach Key West über den Highway 1
2-3 Tage in Key West reichen völlig aus
Ansonsten alternativ empfehlenswert:
Fort Lauderdale ("Venedig Floridas") mit der größten Einkaufsmall (Shoppen bis zum K.O.)
Naples an der Westküste (weißer Sandstrand mit Fischerpier)
Miami fand ich persönlich relativ langweilig, da hab ich viel mehr erwartet. Zum Sightseeing nicht sonderlich empfehlenswert. Höchstens das Sea Aquarium und Key Biscayne (Blick auf die Skyline von Miami, sehr sehenswert bei Nacht - private Bilder auf te-e.de).
Thema Mietwagen:
Würde ich über Alamo buchen. "Fly & Drive" je nach Angebot eine Ausweichmöglichkeit, aber im Regelfall bekommst du das auch einzeln zum gleichen Preis hin.
Hoteltipps aus eigener Erfahrung:
Clarion Beach Resort, Fort Lauderdale (direkt am ruhigen Strand)
Ocean Surf, Miami Beach (direkt am langen Strand von Miami Beach)
Caribbean House, Key West (nur direkt buchbar, in keinem Katalog drin! Kleines, aber feines und v.a. preisgünstiges Hotel)
Islamorada Motel (am Highway 1 auf dem Weg nach Key West)
Red Roof, Naples
Soviel mal ein paar Infos zu einigen Fragen in Kürze. 
Kleiner Tipp noch zum Schluss: Mit der Flugbuchung unbedingt noch etwas warten, die guten Preise für die Sommersaison 06 sind noch nicht veröffentlicht!!
) Insofern kann ich dazu nichts sagen.
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