Das gleiche Thema war hier schon mal und ist gar nicht so verkehrt im Reiserecht.
Bei Pauschalreisen und Flügen wie hier mit Emirates nach Bangkok kann die Airline eben kein duchgängiges Ticket (etix) für den Weiterflug mit Bangkok Airways nach Samui ausstellen, es muss am Schalter von Bangkok Airways in BKK (bzw. hier vorsorglich bei der Reiseleitung ) abgeholt werden plus Zwischenübernachtung.
Ein Nachteil halt bei Buchung einer "günstigen" Pauschalreise mit blöden Flugzeiten.
OT
Mit Etihad und über Abu Dhabi nach Bangkok ist es glaube ich mit durchgängigem etix einfacher.