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Da ich Anfang August ebenfalls nach Samos fliege (und auch in Pythagorion wohnen werde), hatte ich mir schon mal die Busrouten angeschaut.
Dabei gibt es auf dieser pdf-Seite zu den Busverbindungen leider kein Datum und hier findet man nur den Winterfahrplan bis 30.5. ... wobei man die genaue Abfahrtszeit ja vor Ort erfährt.
Wie du auf den verlinkten Seiten sehen kannst, gibt es ab Samos-Stadt viele Busverbindungen - und von Pythagorion nach Samos dauert die Fahrt nur ca. 20 Min.
Demzufolge gehe ich davon aus, dass sich die Sache mit der Rückfahrt recht gut regeln lässt.
Weiterhin habe ich auf einer anderen Seite gelesen, dass es im Sommer (nur dann? ) auch Busse ab Samos durch Pythagorion weiter Richtung Westen gibt. Ich muss dir das nochmal genauer anschauen. Vllt. gibt's ja auch bald einen aktuellen Sommerfahrplan im Netz.