Empfehlen kann ich nur grundsätzlich sich mit hausverstand zu überlegen was ich will & sich nicht von anderen was erzählen zu lassen. Jeder hat andere vorlieben & urlaubsvorstellungen & dann kommt das thema budget & zeit noch dazu.
Ich kann nur sagen, was ich machen würde & was normalerweise nicht. In malaysia würde ich zB nicht west mit ost kombinieren, da sie vorallem schonmal nicht mit dem wetter korrespondieren & es genug auf jeder seite zu erkunden gibt. Städte nehm ich davon aus, da hier das wetter nicht derart eine rolle spielt.
eine schöne route für mich im westen ist KL -> cameron´s -> penang -> langkawi ... bei bedarf erweitert um melaka (kulturell) & thailand/tarutao NP (strand). Strandmäßig aber vorallem punkto schnorcheln/tauchen klar im nachteil gegenüber dem Osten.
im osten KL / (melaka ) -> taman negara -> kenyir -> redang -> perhentian
cameron highlands und taman negara nehmen auch irgendwie "sonderstellungen" ein. Sie liegen nirgends so wirklich am weg & es gibt verbindungen untereinander so wie verbindungen von den cameron highlands richtung perhentian usw. Ist halt auch eine frage wie ich mit durchs land fortbewege.
für mich persönlich wäre auch noch eine südvariante: Singapur / (Melaka) -> Tioman + vorallem die inseln um tioman
borneo stellt für mich wie gesagt eine eigene reise dar: welche stadt auch immer von derer es nach borneo geht (KUL, SIN, HKG, TPH, ...) -> borneo
achtung bei den transfers zwischen den inseln an der ostküste. Bedarf entweder einer rückreise zum festland-pier oder eines bootsvollcharters, was kein billiger spaß ist.
Edit:
@ozjen: Klingt schon besser & ist auch in 3,5 wochen ordentlich machbar. Ich würd von KL aber zuerst in den taman negara, von dort in die cameron highlands & von dort richtung perhentians ... ist einfacher & auch wegtechnisch besser.