@altlöwin
Euer Gepäck wird bis ans Ziel durchgeroutet, ihr müsst allerdings in IST vom internationalen in das nationale Terminal wechseln zum Weiterflug.
Ist ein bisschen Lauferei - aber bei den meisten Umsteigeverbindungen zeitlich keine Herausforderung.
Ebenso erhaltet ihr die Bordkarten bei Abflug in MUC bereits bis AYT, weitere Kontrollen entfallen somit.
Happy landings! 
Umsteigen tut nicht weh, ist unkompliziert und zudem kannst Du Dir ein wenig die Beine vertreten. Zudem hast Du den entscheidenden Vorteil mit TK statt mit einem Touribomber (ohne/oder wenig Service) zu fliegen.
dort......