Keine Sorge, das System wird auch dem nicht teutonischen Check-In Agent den Weg weisen.
Ich kenne noch die Variante 2 Bordkarten auf einen Namen, jedenfalls sind deine Bedenken unbegründet - der Platz ist safe.
Nimm einfach die ausgedruckte Bestätigung der Buchung mit zur Sicherheit, nur falls es in der Kabine Klärungsbedarf gibt.
Sollte nicht so sein, aber bekanntlich ist da Leben nicht immer wie es sein sollte ...